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Dr.コトー診療所 第2シリーズ
内容：2006年10月12日から2006年12月21日まで、『Dr.コトー診療所2003』の続編として放送された。前作と同じく木曜劇場の枠での放送。また、近年では珍しく、前期と同じ主題歌、同じタイトルバック、同じエンドバックが使用されていた。なお、前シリーズでは季節が放送時の季節も夏のときに放送されたが、このシリーズではドラマ中では春から冬（12月）までの四季の移り変わりが描かれていた。また、前シリーズでは比較的医療要素が多く、医療ドラマ的な話が多かったために、コトーが話の中心となったことが多かったが、このシリーズでは医療ドラマ要素よりも島の住民たちの生活などが比較的多めに描かれており、ひとりの医者の物語から志木那島全体の物語へと変化していた。
原作：山田貴敏 「Dr.コトー診療所」
出演：吉岡秀、隆柴咲コウ、時任三郎、富岡涼、大塚寧々、蒼井優、石田ゆり子、筧利夫、泉谷しげる、小林薫
音楽：中島みゆき 「銀の龍の背に乗って」

第1話　二人の約束
[Youku1/1]

第2話　最後の言葉
[Youku1/1]

第3話　秘密の贈り物
[Youku1/1]

第4話　父のあやまち
[Youku1/1]

第5話　荒海に漂う命
[Youku1/1]

第6話　息子への誓い
[Youku1/1]

第7話　命の期限
[Daum1/1]

第8話　幸福への決断
[Daum1/1]

第9話　愛を乞う者
[Daum1/1]

第10話　失われた信頼
[Youku1/1]

第11話　逃れられぬ、医師の宿命
[Youku1/1]